Sustav samopročišćavanja odnosi se na sustav koji ima određeni stupanj samopročišćavanja i sposobnosti apsorpcije zagađivača okoliša. To je agroekološki kompleks u kojem se zagađivači okoliša samopročišćavaju pod pretpostavkom da ne prelaze kapacitet okoliša kroz fizikalne, kemijske i biološke učinke poljoprivrednog tla, biljaka i mikroorganizama.
