Tekuća kromatografija visokih performansi (HPLC)

Iako je dvodimenzionalna gel elektroforeza (2-DE) najčešće korištena metoda za analizu cijelog proteoma, ima ograničenja kao što su ograničena sposobnost odvajanja, diskriminirajući učinak i komplicirani operativni postupci. Često je teško dobiti zadovoljavajuće rezultate za analizu velikog dinamičkog raspona, niskog obilja i hidrofobnih proteina. Chong et al. koristio je HPLC/masenu spektrometriju za usporedbu i analizu diferencijalne ekspresije pred-malignih proteina i proteina raka. Protein je odvojio HPLC, a prikupljene frakcije identificirao je MALDI-TOF-MS, tako da je protein kvantitativno analiziran u diferencijalnoj ekspresiji dviju vrsta stanica. Kao nova vrsta tehnologije odvajanja, višedimenzijska tekuća kromatografija nema ograničenje relativne molekularne mase i izoelektrične točke. Kombinacijom različitih načina rada uklanja diskriminirajući učinak dvodimenzionalne elektroforeze gela. Ima karakteristike visokog vršnog kapaciteta i jednostavne automatizacije. Dvodimenzionalna ionska razmjena-obrnuta fazna kromatografija (2D-IEC-RPLC) najčešće se koristi višedimenzionalni sustav odvajanja tekuće kromatografije u proteomičnim istraživanjima.